最早為淨土宗排祖位的宗曉與志盤皆為天臺宗僧。所以在十三祖中，有天臺宗四人，禪宗二人，華嚴宗一人。由其他宗派的人來確立淨土祖師，其傾向性、宗派性以及隨意性當是不可避免的。

　　對十三祖質疑之焦點實際最後落在了慧遠與曇鸞誰是淨土宗的真正奠基者，抑或說是初祖的問題上。目前已有多種論著對此發表新說。如陳揚炯先生就指出：「從歷史真相來說，淨土宗的真正奠基者、創始者是曇鸞而不是慧遠。曇鸞不僅是中國淨土宗的初祖，也是國際淨土教的初祖。」並認為將慧遠定為淨土宗初祖，實在是誇大了慧遠的作用。

　　林元白先生在《中國淨土教史上玄中寺的地位》一文中也說：「這種念佛方法叫做觀像念佛與觀念念佛，不是至誠信仰的人是不易持久的。所以遠公以後，這一種念佛方法就有些人往風微了。」雖然後世傳說他曾在廬山邀請僧俗十八人，即所謂十八高賢立「白蓮社」，但據著名佛教史專家湯用彤先生考證，這只是後世念佛者的一種善意的附會。（詳見湯用彤著《漢魏兩晉南北朝佛教史》上冊，第十一章，中華書局出版。）儘管說慧遠只是一個一般意義上的淨土信仰者，只是一個探索彌陀信仰思想的理論先行者，但他在中國佛教史上卻是成就卓著的一代名僧。他高居廬山，培養了一大批弘法僧才，團結高層官吏及士族文人，調和佛教與儒教的矛盾，使佛教得以在中國南方流行發展，並為以後佛教中國化開拓了一條道路，影響極為深遠。就彌陀淨土信仰來說，有這樣道隆德盛、遐邇聞名的高僧來宣導，其影響自不待言。淨土宗的確立是在隋唐之時，這是沒有疑義的，但慧遠崇尚淨土，對淨土宗的形成所起的推動作用卻是應予以充分肯定。

　　在淨土宗史上，至曇鸞大師才專重持名念佛，仰靠他力求生淨土。湯用彤先生在《漢魏兩晉南北朝佛教史》中明確指出：「北方大弘淨土之業者，實為北魏之曇鸞，其影響頗大，故常推為淨土教之初祖。」從曇鸞與道綽的生平來看，他們是傾畢生精力與心血來勸導念佛的，這在淨土思想初傳期是僅有的。我們首先應正視一個歷史與現實、傳統與當代，都不可改變的事實，那就是中國淨土宗發展的理路與承繼的血脈，是沿著由曇鸞開創、道綽繼之，善導集大成的持名念佛一系而發展的。所以，在淨土祖師的位次中是應該專門予以彰顯的。